備忘録
awk commandで2つのファイルのIDでVlookupのようなことを行いたい。for文を使わずに。
fileA ID file B ID(一部）
File Aに FileBのIDと一致する行があれば、その行のstatusを9に変更する
ソートが必要かは不明だったが、ソートして見た
## 2 は2列目の項目でソート
sork -k 2 pheno.txt > pheno.s.txt
## 一致しているIDがあればフラグを書き換える。
awk 'FNR==NR{keys[$2];next} if ($2 in keys) print $2, 9; else print $2 $3}' fileB.txt fileA.txt > update.txt
これができるようになるのに半日かかった...
plink --bfile mydata --make-pheno p1.list * --assoc
pl.listに乗っている全てのIDにおいてcaseと指定する
