2021/05/15

Benjamini-Hochberg adjustment

サンプルから数千個の細胞を取り出して、その中に含まれる1万程度のRNAの発現量をみる。

それを2つのグループでどのRNAに差があるのかを比べたい。

とすると、これは1万程度多重比較を行うことになる。

p値0.05なんて使っていたら、エラーだらけの結果になってしまうので、

そもそも遺伝子解析におけるp値は005ではだめ。

間違う確率 = 1 - (1-0.05)^n   (n=多重検定の回数)

なので、多重検定の回数が増えるほど、間違う確率は増えていく。


FDR  false discovery rate 間違う確率の期待値


これを補正する方法として、

Benjamini-Hochberg adjustment

という方法がある。一番使われているのかも。

https://stats.biopapyrus.jp/stats/fdr-bh.html


他にも

Q-value 


local FDR法 

というのもある。

とりあえず、あるということを把握しておく。